Vilamaniscle està situat al nord de la comarca de l’Alt Empordà. El terme municipal té una extensió de 5,50 km².
Limita al nord amb el terme de Llançà, al sud amb Garriguella i a l’oest amb Rabós.
El Paratge Natural de l’Albera envolta tot el poble, i al terme encara es poden trobar exemplars en llibertat de la Tortuga de l’Albera, actualment protegida. També és freqüent trobar-hi cabirols, teixons, guilles i el senglar. També és a tocar el Parc del Cap de Creus (15 minuts) i el dels Aiguamolls de l’Empordà (15 minuts). Així doncs, Vilamaniscle està envoltat de Parcs Naturals, fet que marca el paisatge i el conserva gairebé intacte.
El terrer de Vilamaniscle, està format per pissarres, la coneguda llicorella, que fa que els vins de la zona siguin d’una qualitat excepcional. Hi trobareu dos cellers de la Denominació d’Origen Empordà, el Celler AV Bodeguers i el Celler Mas Polit, així com un productor de mel.
El casc urbà està envoltat de vinyes, oliveres i boscos de suros i pi. Conserva el seu caràcter rural i manté intacte la seva fisonomia. Malgrat que l’activitat econòmica principal és l’agricultura, cada cop té més importància el turisme. El GR-11 travessa el casc urbà, i el senderisme i les rutes en bicicleta fan que cada cop més persones coneguin el poble.